プログラムは、前半の基礎ステージ（1年目の7月から翌年1月）と後半の実践ステージ（2年目の2月〜）から構成されます。基礎ステージ受講生（約40名）は、応募者の中から7月頃に選抜する予定です。また、翌年の1月頃に基礎ステージ受講生の中から実践ステージに進む受講生（約10名）が選抜されます。
1年目の7月〜翌年1月（約40名）
研究に必要な様々な基礎を学ぼう！
基礎ステージ（1年目の7月から翌年1月）では、科学的な「問い」について共に考え深めながら、研究を進める上で必要となる考え方や技術を学び、受講生が個別課題研究の研究提案を作成し、その発表を行います。その過程で様々な障害や困難を越える力を身に付けます。また、国際的に活躍するためのコミュニケーション力の基礎を身につけます。
受講生全員が参加するイベントとして、8月と10月に全体セッションⅠ･Ⅱ、翌年の1月に全体セッションⅢを実施します。9月から12月にかけて、週末に講義や実習などを含むセッションを開催し、受講生は興味のある回を選択して月2回程度参加します。また、先端研究機関等の訪問・見学も行います。
研究課題・計画の立案
「科学」とは何か、科学的な「問い」とは何かを共に考えながら、受講生それぞれが自ら追求しようとする問いを掘り下げて、研究課題・計画としてまとめ、全体セッションⅢで発表します。
基礎知識や技術の習得
研究を進める上で必要な基礎知識や技術を身に着けるため、物質科学、生命科学、情報・計算科学、人間・環境科学の4つの分野について、講義や実習・実験などに取り組みます。
英語や国際的活動の学習
実践的な演習を通して、研究の遂行や発表に必要な英語力を身に着けます。また国際的に活躍する科学者や先輩の講演などを通じて、国際的な活動について学びます。
2年目の2月〜（約10名）
本格的な研究に取り組もう！
実践ステージ（2年目の2月から）では、基礎ステージから選抜された受講生が、自ら提案したテーマについて大学などで研究に取り組みます。研究の過程で、受講生と大学教員が集まって研究の進捗について報告、意見交換したり、英語でその時点までの成果発表を行う機会などがあります。
実践ステージの後半以降は、研究成果をとりまとめ、国内の学会や研究会での発表を目指します。さらに国際学会での発表や、英語論文の執筆にも、積極的に挑戦することが期待されます。
最後に実践ステージでの活動や研究について報告するレポートを提出し、研究成果発表会で発表します。
研究の実践
基礎ステージで立てた研究課題提案について、専門家との議論を通じて、「実行可能性」、「新規性」、「科学的価値」のある研究計画に練り直し、専門家のアドバイスのもとで本格的な研究の実施を目指します。
英語力の集中研修
科学研究を進めたり、発表したりするのに必要な実践的英語力を高める集中的な研修を3月に行います。英語によるディスカッション、プレゼンテーションなどに関してネイティブスピーカーの講師らによる指導・実習を行います。
研究成果の発表
英語での発表を含めて、高校生の研究発表会、国内外の学会・研究会等での発表や、研究成果を論文としてまとめることを目指します。