プログラムは、前半の基礎ステージ（7月から1月）と後半の実践ステージ（1月から12月）から構成されます。基礎ステージ受講生（約40名）は、応募者の中から6月頃に選抜する予定です。また、翌年の1月頃に基礎ステージ受講生の中から実践ステージに進む受講生（約8名）が選抜されます。
研究に必要な様々な基礎を学ぼう！
基礎ステージ（1年目の7月から1月）では、「根源的な問い」について共に考え深めながら、研究を進める上で必要となる考え方や技術を学び、受講生が個別課題研究の研究提案を作成し、その発表を行います。また、国際的に活躍するためのコミュニケーション力の基礎を身につけます。
受講生全員が参加するイベントとして、8月に夏合宿、11月に秋合宿、2年目の1月にサマリーセッションを実施します。9月から12月にかけて、週末を利用したセッションを開催し、受講生は興味のある回を選択して月2回程度参加します。週末セッションは、神戸を中心とした阪神地域、姫路を中心とした播磨地域、豊岡を中心とした但馬地域の３地域で実施します。先端研究機関等の訪問・見学も行います。
研究課題・計画の立案
「科学」とは何か、科学的な「問い」とは何かを共に考えながら、受講生それぞれが自ら追求しようとする問いを掘り下げて、研究課題・計画としてまとめ、サマリーセッションで発表します。
基礎知識や技術の習得
物質科学、生命科学、情報・計算科学、人間・環境科学の４つの分野について、講義や実習・実験などに取り組み、科学を進める上で必要となる基礎知識や技術を身につけることを目指します。
英語や国際的活動の学習
科学研究の遂行や発表で必要となる英語力を身につけるための実践的な講義や、国際的に活躍する科学者、先輩などの講演や語らいなどを通じて、科学における国際的な活動について学びます。
本格的な研究に取り組もう！
実践ステージ（2年目の1月から12月）では，基礎ステージから選抜された受講生が、自ら提案したテーマについて大学などで研究に取り組みます。研究成果は米国シアトルのワシントン大学で開催されるSTEM Research Poster Session（理数科学技術のポスターセッション）等の機会に英語により発表します。
実践ステージの後半以降は、受講生の研究成果のとりまとめなどをサポートし、最終的には研究結果を国際的な学会で発表したり、英語による論文としてまとめることを目指してほしいと期待しています。
研究の実践
基礎ステージで立てた研究課題について、専門家との議論を通じて、「実行可能性」、「新規性」、「科学的価値」のある研究課題を練り直し、専門家のアドバイスのもとに本格的な研究の実施を目指します。
英語力の集中研修
科学研究を進めたり、発表したりするのに必要な実践的英語力を高める集中的な研修を３月に行ないます。英語によるディスカッション、プレゼンテーションなどに関してネイティブスピーカーの講師らによる指導・実習を行います。
英語による研究発表と海外研修
７月には国内（神戸）で英語による研究発表会に参加。8月にはアメリカ シアトルへの海外研修を実施します。研修の一環として、ワシントン大学で開催される大学生の研究発表会において研究発表を行います。